剧情：1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...

这一部剧情太好看以至于机械哥斯拉完全成配角了。 这一部才真适合叫 《哥斯拉×机械哥斯拉×拉顿 日本SOS》 故事讲述了失孤母亲（？）哥斯拉上岸日本焦急寻找被人类掳走的孩子，不料孩子认贼作父，把人贩子当作母亲，关键时刻还向把自己视若己出的养母拉顿求救，引发一场争夺小哥斯拉的混乱大战。 在这里你可以看到：火力凶猛的机械哥斯拉噶了正版哥斯拉的腰子，还把原版摁在地上电到口吐白沫；为了共同的孩子，养母拉顿不计前嫌，用生命复活了生母哥斯拉；叛逆的小哥斯拉认人类当母亲，有事就叫养母拉顿，面对生母哥斯拉却扭扭捏捏地不想跟着走等等狗血而感人的情节 几个有意思的点： 1.脚本居然和02年的机械哥斯拉是一个人 2.然而对比之下，02的机龙火力着实弱了点，表现力的关键要素上也几乎没有质的差异（这也能退步） 3.小哥斯拉太可爱了（不懂就问，哥斯拉恐龙的蛋上哪里买？我要买一打！）